Muzeum Historyczne Miasta Krakowa zostało wyróżnione w konkursie „Pozytywista Roku” za 2011 rok organizowanym przez Fundację Regionalnych Inkubatorów Przedsiębiorczości „Wokulski". Wyróżnienia i nagrody przyznawane były m.in. w kategoriach: Gospodarka, Działalność społeczna, Nauka i edukacja, Kultura i sztuka.
Muzeum było nominowane w kategorii Nauka i edukacja i otrzymało wyróżnienie „za prowadzenie aktywnej i szerokiej działalności edukacyjnej, w tym szczególnie za wysoką jakość działalności edukacyjnej i turystycznej w nowym oddziale MHK - Podziemia Rynku Głównego - Śladem europejskiej tożsamości Krakowa".
Nagrodę w tej kategorii otrzymał prof. dr hab. n. med. Andrzej Mackiewicz - za sukcesy w biotechnologii i promocję polskiej medycyny na świecie, ponad 20-letnie prace nad leczeniem chorób nowotworowych uwieńczone wynalezieniem szczepionki na czerniaka. Pozostali nominowani w tej kategorii to Fundacja PGNiG, Państwowa Wyższa Szkoła Informatyki i Przedsiębiorczości w Łomży, PKN Orlen S.A. (KF)