Komunikacja aglomeracyjna funkcjonuje w oparciu o porozumienia międzygminne określające zasady współpracy Krakowa i gmin ościennych. Na ich podstawie ustalany jest zakres połączeń oraz sposób finansowania linii obsługujących mieszkańców.
Zgodnie z zapisami porozumień oferta komunikacyjna jest wynikiem wspólnych ustaleń obu stron. Wszelkie zmiany w funkcjonowaniu linii aglomeracyjnych, takie jak liczba kursów, godziny odjazdów, przebieg tras czy uruchamianie dodatkowych połączeń, mogą być wprowadzane przez Zarząd Transportu Publicznego w Krakowie wyłącznie na wniosek lub po uzgodnieniu z daną gminą. Oznacza to, że decyzje dotyczące kształtu oferty nie są podejmowane jednostronnie, lecz wymagają porozumienia samorządów.
Za organizację i realizację przewozów odpowiada Kraków, natomiast gminy uczestniczą w finansowaniu linii poprzez dotacje określone w porozumieniach. W 2026 roku dotacje gmin pokrywają 57,5 proc. kosztów funkcjonowania linii na ich terenie, a od 2027 roku poziom ten wzrośnie do 65 proc. Pozostała część kosztów jest pokrywana przez Kraków. Wynika to z faktu, że wpływy ze sprzedaży biletów, zgodnie z zawartymi porozumieniami, stanowią dochód budżetu Krakowa i są przeznaczane na utrzymanie całego systemu transportu publicznego.
Szczególne zasady dotyczą linii nocnych, które ze względu na mniejsze zainteresowanie pasażerów wymagają wyższego poziomu dofinansowania. W zależności od charakteru połączenia, gminy pokrywają 80 lub 100 proc. kosztów ich funkcjonowania na całej długości trasy, natomiast pozostała część kosztów jest bilansowana wpływami biletowymi. Wszystkie projekty zmian w rozkładach jazdy mają charakter roboczy i podlegają dalszym uzgodnieniom pomiędzy samorządami. Zgłaszane uwagi są analizowane na bieżąco, a korekty wprowadzane sukcesywnie. Celem tych działań jest wypracowanie stabilnej i przewidywalnej oferty przewozowej, która odpowiada potrzebom mieszkańców i jednocześnie uwzględnia możliwości finansowe samorządów.