Rada powołuje komisje, które pełnią funkcje pomocnicze. Główne zadania komisji to przede wszystkim:
Funkcje kontrolne pełni Komisja Rewizyjna, która sprawdza działalność prezydenta miasta oraz gminnych jednostek organizacyjnych pod względem legalności, rzetelności i gospodarności. W skład Komisji Rewizyjnej wchodzą radni, w tym przedstawiciele wszystkich klubów. Komisja Rewizyjna opiniuje wykonanie budżetu miasta i występuje z wnioskiem do rady miasta w sprawie udzielenia bądź nie udzielenia absolutorium prezydentowi miasta. Wniosek w sprawie absolutorium podlega zaopiniowaniu przez Regionalną Izbę Obrachunkową. Komisja Rewizyjna wykonuje też inne zadania zlecone przez radę w zakresie kontroli.
Komisja Mienia i Mieszkalnictwa
Komisja Planowania Przestrzennego
Komisja Zdrowia i Uzdrowiskowa
Komisja Kultury i Ochrony Zabytków
Komisja Polityki Społecznej i Senioralnej
Komisja Innowacji, Metropolii i Rozwoju Gospodarczego
Komisja Dialogu Obywatelskiego
Komisja Skarg, Wniosków i Petycji
Komitet Audytu dla Gminy Miejskiej Kraków