Wykopaliska archeologiczne dowodzą, że wzgórze wawelskie było zamieszkane już w epoce kamienia łupanego. Przypuszczalnie z VII w. pochodzą kopce Krakusa i Wandy − legendarnych władców osady zamieszkałej przez słowiańskie plemiona Wiślan.
Pierwszą udokumentowaną wzmianką o Krakowie jest relacja kordobańskiego kupca Ibrahima ibn Jakuba z 965 r., w której wspomina o otoczonym lasami bogatym grodzie, leżącym na skrzyżowaniu szlaków handlowych. Z okresem przedpiastowskim związane są jeszcze dwie inne daty, istotne dla historii miasta: między rokiem 876 a 879 książę wielkomorawski Światopełk zajął późniejszą Małopolskę, a po roku 955 książę Bolesław Okrutny, brat św. Wacława, wprowadził rządy czeskie. W X w. Kraków włączono do tworzącego się państwa polskiego − chociaż trudno jednoznacznie stwierdzić, czy stało się to za rządów Mieszka I w 990 r., czy Bolesława Chrobrego w 999 r.
Średniowiecze
We wczesnym średniowieczu na wzgórzu wawelskim funkcjonował umocniony drewnianym częstokołem i wałem obronnym gród z podgrodziem. W X i XI w. powstały pierwsze budowle murowane − zamek i romańskie kościoły: katedra i bazylika romańska oraz kościół św. Feliksa i Adaukta. W 1000 r. w Krakowie utworzono biskupstwo. Od 1150 r. przy kościele zamkowym działała szkoła katedralna − najlepsza polska uczelnia przed założeniem uniwersytetu. W skarbcu katedralnym przechowywano insygnia władzy: koronę i berło Bolesława Śmiałego. W bibliotece, która w 1100 r. liczyła 28 tytułów, przechowywano − oprócz ksiąg o tematyce religijnej − kilka dzieł literatury klasycznej, m.in. komedie Terencjusza, elegie Owidiusza i monografie historyczne Salustiusza.
W 1142 r. biskup Robert konsekrował tzw. drugą katedrę wawelską, powstałą na miejscu zburzonego kościoła romańskiego. W reprezentacyjnej katedrze uroczyście złożono − po przeniesieniu ze Skałki − ciało św. Stanisława oraz relikwie św. Floriana.
Rozbicie dzielnicowe w XII w. i nieustanne walki książąt dzielnicowych nie przeszkodziły miastu w intensywnym rozwoju i rozbudowie. W 1138 r. Kraków nabrał większego znaczenia, zgodnie z testamentem Bolesława Krzywoustego został bowiem siedzibą senioratu i niejako stolicą Polski. Zniszczone po najeździe Tatarów w 1241 r. budowle zostały zastąpione przez nowe, w stylu gotyckim. Rok 1257 to kolejna ważna data w historii Krakowa − lokacji miasta na prawie magdeburskim, która wyznaczyła nowy układ urbanistyczny: z centralnie położonym rynkiem i regularną szachownicą rozchodzących się ulic. W XIII w. utworzono nowy system umocnień, z murami obronnymi, basztami strzelniczymi i ufortyfikowanymi bramami wjazdowymi, w następnych wiekach stopniowo wzbogacany i modyfikowany. 20 stycznia 1320 r. w Krakowie odbyła się pierwsza koronacja − Władysława Łokietka i jego żony Jadwigi. W następnych pięciu wiekach miało tu miejsce 35 innych koronacji. Katedra stała się również królewską nekropolią.
Dla miasta niezwykle istotne okazały się rządy Kazimierza Wielkiego, mecenasa sztuki i protektora nauk. Król założył dwa nowe miasta: Kazimierz i Kleparz, związane ściśle z Krakowem. Nowy, gotycki blask zyskały kościoły Franciszkanów i Dominikanów, trwała budowa kościoła Mariackiego, kościołów Bożego Ciała i św. Katarzyny na Kazimierzu, przebudowa katedry i zamku na Wawelu, średniowiecznej hali targowej – Sukiennic, ratusza miejskiego. W 1364 r. Kazimierz Wielki założył Akademię Krakowską, która dała początek Uniwersytetowi Jagiellońskiemu.
Czasy Jagiellonów
Wielki książę litewski Władysław Jagiełło, koronowany na króla Polski w 1386 r., dał początek największej dynastii polskiej, rządzącej krajem przez ponad 200 lat. Kraków stał się stolicą monarchii, która objęła ziemie rdzennie polskie i wielkie obszary litewsko-ruskie. Dwór królewski odgrywał istotną rolę w kształtowaniu życia kulturalnego i artystycznego. Z Włoch, Niemiec i innych państw przybywali wybitni humaniści, naukowcy i artyści. W 1477 r. z Norymbergi przybył Wit Stwosz, aby na zlecenie mieszczan wyrzeźbić wielki ołtarz do kościoła Mariackiego. Po kolejnej przebudowie w latach 1499−1536 zamek na Wawelu stał się perłą renesansowej architektury, a kaplica Zygmuntowska − najpiękniejszą kaplicą grobową w Polsce. Zamek, ozdobiony kolekcją flamandzkich arrasów, godnie pełnił rolę rezydencji władcy nowoczesnego i silnego państwa. Pod koniec XVI w. stolicę przeniesiono do Warszawy, Kraków stracił swoje znaczenie, zachowując jedynie reprezentacyjną rolę miasta królewskich koronacji i pogrzebów.
Wiek XVII
W połowie XVII w. Kraków zdziesiątkowała czarna ospa. Ocenia się, że zmarło wówczas ponad 20 tys. osób. Niedługo później wojska szwedzkie zniszczyły i zrabowały Kazimierz, Kleparz, przedmieścia i Stare Miasto. Kraków spadł na pozycję prowincjonalnego ośrodka drobnego handlu i rzemiosła. Artystyczny mecenat sprawował jedynie Kościół. Odbudowane ze zniszczeń kościoły i klasztory otrzymały nową, barokową szatę. Największym architektonicznym osiągnięciem tego czasu jest kościół św. Anny, wzniesiony zgodnie z projektem Tylmana z Gameren, z dekoracją stiukową Baltazara Fontany.
Wieki XVIII i XIX
W 1702 r. miasto ponownie zajęły i spustoszyły wojska szwedzkie; spłonął zamek na Wawelu. Armia pruska i rosyjska dopełniły dzieła zniszczenia. Po pierwszym rozbiorze Polski w 1772 r. południową część Małopolski zajęły wojska austriackie. 24 marca 1794 r., uroczystą przysięgą Tadeusza Kościuszki na Rynku Głównym rozpoczęła się insurekcja kościuszkowska, zakończona jednak klęską i ostatecznym traktatem rozbiorowym w 1795 r. Miasto przyłączono do Austrii. Następne lata okazały się jednak dla Krakowa łaskawsze: okresowo wcielony do Księstwa Warszawskiego, po upadku Napoleona otrzymał status wolnego miasta. Po upadku powstania listopadowego, jako jedyne miasto Księstwa zachował autonomię. W 1846 r. znalazł się ponownie w granicach cesarstwa austriackiego. Pomimo okupacji miasto cieszyło się stosunkowo dużą swobodą. Na miejscu zburzonych murów obronnych utworzono Planty, powstawały nowe dzielnice poza dotychczasowym obrębem miasta. W tym czasie Kraków stał się też symbolem i centrum polskości, duchową stolicą kraju. Rozwijały się instytucje naukowe i kulturalne: w 1818 r. założono Akademię Sztuk Pięknych, w 1854 r. powołano Towarzystwo Przyjaciół Sztuk Pięknych, a w 1872 r. Towarzystwo Naukowe Krakowskie przekształciło się w Akademię Umiejętności.
Wiek XX
Zbliżająca się wojna z Rosją przyczyniła się do nasilenia ruchów niepodległościowych. W 1910 r. powstało paramilitarne Towarzystwo „Strzelec”, działały legalnie prawie wszystkie partie polityczne. 6 sierpnia 1914 r. z krakowskich Oleandrów wyruszyła Pierwsza Kompania Kadrowa. Po odzyskaniu niepodległości w 1918 r. Kraków stał się ważnym ośrodkiem administracji, kultury i sztuki. Dynamicznie zaczął się rozwijać przemysł.
II wojna światowa, chociaż nie zniszczyła zabytkowej architektury, poczyniła ogromne spustoszenia − przede wszystkim w sferze nauki, kultury i gospodarki. 6 listopada 1939 r. wywieziono do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego i najwybitniejszych przedstawicieli elity intelektualnej miasta. W sposób symboliczny Niemcy w Krakowie rozprawili się też z polskością, niszcząc trzy ważne dla historii i kultury miasta i kraju pomniki – Grunwaldzki na pl. Matejki, Adama Mickiewicza na Rynku Głównym oraz Tadeusza Kościuszki na wzgórzu wawelskim.
Po wojnie zmieniła się uprzywilejowana dotąd pozycja Krakowa: intencją ówczesnych władz było ograniczenie roli inteligencji. Wyrazem tych dążeń stała się budowa Nowej Huty i napływ ogromnej rzeszy robotników. Stało się jednak inaczej i wciąż środowiska artystyczne i naukowe kształtują charakter blisko 800-tysięcznego już miasta i stanowią jeden z jego największych atutów.