W muzeum, położonym na terenie dawnego getta dla krakowskich Żydów, czynna jest wystawa stała „Apteka w getcie krakowskim".
Ekspozycja została zrealizowana dzięki hojnemu wsparciu Romana Polańskiego, który przeznaczył na ten cel nagrodę przyznaną mu przez Fundację Kultury Polskiej. W tym historycznym miejscu w sposób szczególny zachowuje się pamięć o Tadeuszu Pankiewiczu, właścicielu dawnej apteki Pod Orłem, który pracował w niej przez cały okres istnienia getta (1941–1943) i wielokrotnie niósł pomoc bliźnim w obliczu ostatecznego zagrożenia. Wystawa została poświęcona w znacznej mierze zagładzie Żydów w Krakowie w latach 1939–1945. Zostały w niej wykorzystane eksponaty muzealne, archiwalne dokumenty, fotografie i filmy. Jest to miejsce głębokich przeżyć i zadumy nad losem tysięcy niewinnie zgładzonych żydowskich obywateli Krakowa, a także ważny etap edukacji historycznej młodego pokolenia i nasze przesłanie przekazywane przyszłym generacjom. W marcu 2013 roku w muzeum udostępni dla zwiedzających nowa wystawę stałą w Aptece pod Orłem.