To jedna z najstarszych tego typu placówek specjalistycznych w Polsce i zarazem jedna z największych w Europie Środkowo-Wschodniej. Niegdyś funkcjonowało niemal wyłącznie dla specjalistów, dzisiaj misją Muzeum Archeologicznego w Krakowie jest pośredniczenie pomiędzy dawnymi społecznościami a współczesnym człowiekiem.
Początki Muzeum Archeologicznego w Krakowie sięgają roku 1850, w którym powstało Muzeum Starożytności Krajowych. Założyła je grupa osób z Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, skupiona w Oddziale Sztuk i Archeologii, wśród których najbardziej zasłużonymi byli: Karol Kremer, Józef Muczkowski, Wincenty Pol i Teofil Żebrawski.
Zgodnie z intencją Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, w ramach którego początkowo działało muzeum, miało być ono skarbnicą pamiątek narodowych. Szczególnie ważnym zadaniem, uwzględniając ówczesne realia braku niepodległości, było kolekcjonowanie zabytków ważnych dla historii narodu. Z chwilą powstania muzeum do Krakowa zaczęły napływać artefakty z całej dawnej Rzeczypospolitej. Stąd w jego zbiorach pokaźne i wartościowe kolekcje z terenów obecnej Litwy, Białorusi i Ukrainy. Znacząca jest również kolekcja egipska, której ozdobą są oryginalne mumie oraz unikatowy zbiór zabytków peruwiańskich. W 1851 r. do muzeum przywieziono słynny posąg tzw. Światowida ze Zbrucza. Kilka lat później, w pałacu Lubomirskich przy ul. św. Jana 15, otwarto pierwszą w Krakowie „Wystawę starożytności i zabytków sztuki” (1858–1859).
Pierwszą siedzibą muzeum była Biblioteka Jagiellońska przy ul. św. Anny 8. W późniejszych czasach jeszcze dwukrotnie zmieniało ono swoją lokalizację. Od 1964 roku placówka zaczęła działać w dawnym zespole poklasztornych i powięziennych budynków przy ul. Senackiej, gdzie funkcjonuje do dziś. W dniu 17 czerwca 1966 r. w nowym gmachu została otwarta wystawa „Starożytność i średniowiecze Małopolski”.
Dzisiejsze Muzeum w niczym nie przypomina dawnej instytucji. Nie skupia się ono już wyłącznie na gromadzeniu i chronieniu zbiorów, ale prowadzi także otwartą na zewnątrz i szeroką działalność naukową. Prowadzi wykopaliska w Egipcie i w naszym regionie, m.in. w jaskini Ciemnej w Ojcowie. Realizuje projekty naukowe, których efektem są kolejne pozycje książkowe. Organizuje ciekawe wystawy – warto wymienić choćby ostatnią: „Pompeje. Życie i śmierć w cieniu Wezuwiusza”, z oryginalnymi zabytkami, która stała się ważnym wydarzeniem w kulturalnym kalendarium Krakowa. Wkrótce inne unikatowe projekty, np. „Archeologiczny Atlas Małopolski”, pozwolą zapoznać się z bogatym dziedzictwem prahistorycznym regionu na ekranie smartfona. Muzeum prowadzi bogaty i zróżnicowany program edukacyjny, w którym każdy znajdzie coś dla siebie, zarówno dzieci, rodziny, jak i seniorzy.
Ale muzeum to nie tylko instytucja służąca przechowywaniu pamiątek z odległej przeszłości, to nie tylko świadek działalności wielu pokoleń archeologów i pasjonatów. To przede wszystkim miejsce, w którym ożywają opowieści i historie z bardzo odległych czasów. Miejsce, w którym odkrywamy, że historie te i opowieści mają bardzo istotny wpływ na życie współczesnego człowieka.