Przewieziono je do Ottawy, gdzie zasoby pod opieką przedstawicieli polskich władz emigracyjnych umieszczono w kanadyjskim Archiwum Państwowym. Po zakończeniu wojny w 1945 roku antykomunistyczny premier Kanady pomógł w przeniesieniu i ukryciu wawelskich zbiorów w Muzeum Prowincji Quebec. Mimo starań władz PRL muzealia pozostały w Kanadzie przez wiele lat. Część z nich, tzw. rękopisy chopinowskie, powróciła do kraju dopiero na początku 1959 roku.

Rozmowy na temat przywiezienia do kraju pozostałych muzealiów, prowadzone przez przedstawicieli władz polskich na emigracji, Polaków z kraju, reprezentantów muzeum wawelskiego, władz Quebecu oraz duchowieństwa polskiego i kanadyjskiego - bez udziału władz komunistycznych - zostały zakończone pomyślnie rok później. Jesienią 1960 roku strona polska rozpoczęła prace zmierzające do przewiezienia zbiorów do kraju. Delegacja polska do Quebecu przybyła pod koniec grudnia 1960 roku, a 1 stycznia roku kolejnego oficjalnie przejęto muzealia. Następnego dnia eksponaty umieszczone na wielkich ciężarówkach wyruszyły w podróż do Polski. Z uwagi na ich olbrzymią wartość, wyceniono je w tamtym okresie na 60 mln dolarów, a transport był ubezpieczany przez firmy asekuracyjne z blisko 30 krajów.

Wśród zbiorów, które 16 stycznia 1961 roku powróciły do Polski i stały się częścią kolekcji wawelskiego muzeum, znalazły się arrasy ze zbiorów króla Zygmunta Augusta, portrety członków rodzin królewskich i szlacheckich, tkaniny z motywami historycznymi i religijnymi, pejzaże i sceny rodzajowe autorstwa włoskich, holenderskich i flamandzkich artystów oraz przedmioty sztuki użytkowej takie jak meble, naczynia, wyroby ze złota, a także militaria. Kolekcja ta do dzisiaj jest jedną z najcenniejszych części zbiorów wawelskich.