Nagrody Stołecznego Królewskiego Miasta Krakowa przyznaje Komisja pod przewodnictwem prof. Andrzeja Białasa, Prezesa Polskiej Akademii Umiejętności.
W skład Komisji wchodzą m.in.: prof. prof. Jerzy Haber, Kazimierz Jeleń, Józef Lipiec, Władysław Miodunka, Wiesław Pawlik, Jacek Popiel, Stanisław Wiśniewski, Ryszard Borowiecki oraz Jerzy Wyrozumski.